分析染色质可及性与结合

Analyze Chromatin Accessibility and Binding · 🟡进阶 · 所属分类：组学与生物信息分析

ATAC-seq、ChIP-seq、CUT&RUN 的上游流程零散又互相牵连——比对、去重、call peak、重复性 IDR、motif 富集，任一环设错，下游结论就全歪了，批次之间对比还常常忘了做质控。它把这一整套按你的实验类型串起来、自动调参跑通，并把 FRiP、IDR 这些质控指标一并算给你看，让你的 peak 站得住脚。

适合谁

做表观遗传、转录调控的研究生和 PI，手上有 bulk ATAC/ChIP/CUT&RUN 数据但流程搭不顺的人。

给它什么 · 得到什么

• 你提供：测序 fastq 或已比对 bam、对照/input 样本、基因组版本、实验类型（ATAC/ChIP/CUT&RUN）和重复信息
• 你得到：标准化处理脚本 + 带注释和富集的 peak 表 + 含 FRiP/交叉相关/IDR 的 QC 报告 + motif 与信号图

怎么用

示例提问：「我有两组条件各两个重复的 ATAC-seq bam,hg38，帮我 call peak、算 FRiP 和重复间 IDR，再做差异可及性和 motif 富集。」触发后它会按你的实验类型选好比对与 call peak 参数（MACS2），先跑质控确认数据可用，再做 peak 注释、差异结合与 motif 分析（HOMER/MEME），最后给你可复现脚本和结果表。

提个醒

ChIP 必须有合适的 input/对照，没有对照的 peak 不可信；而且各环节的基因组版本要一致，这是硬前提。