比较与可视化蛋白质结构

Compare and Visualize Protein Structures · 🟡进阶 · 所属分类：结构生物学与药物发现

手动在 PyMOL 里对齐几个结构又费劲又容易翻车，全局 RMSD 还常被柔性 loop 拉高，让你以为差异很大其实是假象。它帮你把多套结构叠好、算清差异到底在哪、有多大，再出一张能直接放进论文的比对图。

适合谁

要比较突变前后、开合构象或同源蛋白，并需要发表级配图的研究生和结构研究者。

给它什么 · 得到什么

• 你提供：两个及以上结构文件（PDB/CIF）、指定对齐的链与区段、你关心的构象变化或功能位点
• 你得到：可复现的 PyMOL 叠合脚本与配图、RMSD/TM-score 对照表，以及按残基标注的差异区段

怎么用

先来一句示例提问：「把这个激酶的活性态和非活性态叠起来，标出 DFG motif 附近的位移并出图。」触发后它会用 foldseek/TM-align 做序列无关比对，在 PyMOL 里按域分段叠合避开柔性区干扰，算全局与逐残基 RMSD，再高亮变化区并把脚本和图一起给你。

提个醒

依赖 PyMOL/foldseek；全局 RMSD 会随对齐范围和柔性区变化，报告里会明确写清对齐了哪段、用了什么方法。