分析全基因组关联研究数据

Analyze GWAS Data · 🔴专家 · 所属分类：组学与生物信息分析

群体分层、亲缘关系、质控没做好，GWAS 就会造出一堆假关联；曼哈顿图上冒出来的信号到底是真是假、该怎么校正，新手极容易误判。它帮你规范地做质控、校正分层、跑关联模型，再教你从 QQ 图和曼哈顿图判断信号可不可信。

适合谁

第一次独立做 GWAS、想把质控和分层校正做对的研究生和研究者。

给它什么 · 得到什么

• 你提供：基因型数据（PLINK/BGEN/VCF）、表型与协变量表、样本与 SNP 质控需求、群体背景与参考面板
• 你得到：关联结果表、曼哈顿图与 QQ 图、质控与分层校正报告及可复现分析脚本

怎么用

示例提问：「我有 5000 人的 PLINK 基因型和一个二分类表型，帮我做样本和 SNP 质控、用 PCA 校正群体分层再跑关联，还要判断 QQ 图有没有膨胀。」 触发后它会执行 call rate/HWE/MAF/亲缘等质控、用 PCA 评估并校正分层、跑合适的关联模型，并以 λ 和曼哈顿图定位信号、提示需独立队列验证。

提个醒

关联不等于因果，需满足全基因组显著阈值并独立重复；它不做个体化遗传风险预测或诊断。