分析长读长测序
Analyze Long-Read Sequencing · 🔴专家 · 所属分类：组学与生物信息分析
长读长的错误模式、碱基修饰信号、平台差异跟短读长完全不是一回事，直接套短读长的流程和阈值会系统性出错。它帮你按 ONT 或 PacBio 平台选对方法，做比对、结构变异、甲基化或全长转录本分析，把平台特有的坑给你标出来。
适合谁
用 ONT/PacBio 做 SV、甲基化或全长转录组、但经验主要在短读长的研究者。
给它什么 · 得到什么
- 你提供：长读长数据（FASTQ/BAM/POD5，标明 ONT 还是 PacBio HiFi）、参考基因组、分析目标（SV/甲基化/全长转录本等）
- 你得到：对应目标的结果文件（如 SV VCF、甲基化表、isoform GTF），加流程脚本与平台特异参数说明及质控报告
怎么用
示例提问：「我有一批 ONT 的 POD5 数据，想同时做结构变异和 5mC 甲基化，比对和参数按 ONT 的特点帮我配，别拿短读长那套阈值套上来。」 触发后它会按平台选 minimap2 等比对与质控策略、编排 SV 与相位分析、处理碱基修饰信号或全长转录本鉴定，并对比长短读长优劣、标注平台陷阱。
提个醒
它是编排长读长专业工具加解读，重算力步骤要在外部环境跑；绝不把短读长阈值直接套过来。