分析代谢网络与代谢流

Analyze Metabolic Networks and Flux · 🟡进阶 · 所属分类：系统生物学、合成生物学与生物工艺

你有一个基因组尺度代谢模型，却在正确设边界、算通量、做基因敲除或产率优化上卡壳——SBML导入报错、量纲一乱、结果又难解读。它帮你把模型载进来、核对平衡和边界，跑FBA/FVA算出通量分布，做敲除分析，还能画产率-生长权衡图看清优化空间。

适合谁

做代谢工程、菌株产率优化的研究生和研究者，想用约束模型指导实验设计的人。

给它什么 · 得到什么

• 你提供：代谢模型（SBML/BiGG等）或反应清单、培养基/交换反应边界、目标函数（如生物量或目标产物），以及你要做的分析（FBA/FVA/敲除/产率权衡）。
• 你得到：通量分布表与目标值、FVA区间、单/双敲除影响清单、产率-生长权衡图（生产包络），以及可复现的COBRApy脚本和边界设定说明。

怎么用

示例提问：「用这个大肠杆菌模型，在葡萄糖限量下算最大琥珀酸产率，再看敲掉哪个基因能把产率往上推。」 触发后它会用COBRApy载入模型、核查质量与电荷平衡和边界，跑FBA/pFBA/FVA，做单双基因敲除与必需性分析，画生产包络，并解读结果、标注约束假设。

提个醒

FBA是稳态约束优化，不含调控和动力学，结果高度依赖培养基边界和目标函数设定，预测必须经实验验证。