准备可建模的蛋白结构

Prepare Protein Structures for Modeling · 🟡进阶 · 所属分类：结构生物学与药物发现

从 PDB 下的晶体结构、AlphaFold 预测的模型，直接拿去对接或跑分子动力学时总是各种报错——缺残基、缺侧链原子、没有氢、质子化态没定，还夹着一堆水和结晶添加剂。它帮你把原始结构清洗、补全、加氢并做受限去冲突，产出一份能直接进对接/模拟流程的标准结构，还把每一处改动都记在清单里。

适合谁

做分子对接、MD 模拟的研究生，计算化学与结构生物学方向的科研人，以及想把预处理流程标准化的生信工程师。

给它什么 · 得到什么

• 你提供：原始结构文件（PDB/mmCIF，实验或预测都行）、想保留哪些链、目标 pH、配体/金属/水怎么取舍
• 你得到：清洗并质子化好的结构（PDB，可选带电荷半径的 PQR）、一份可复现脚本、逐条修改清单，外加 clash/几何/质子化的 QC 报告

怎么用

示例提问：「帮我把这个 PDB 结构处理成能做 AutoDock 对接的：只保留 A 链和配体，去掉水和结晶甘油，pH 7.4 下加氢。」 触发后它会先诊断缺失残基/原子与多构象，用 PDBFixer 补重原子和短环、替换非标准残基，按目标 pH 加氢并用 PROPKA 预测 pKa 和 His 状态，再用 OpenMM 做受限最小化缓解原子重叠，最后交给你结构、脚本、改动清单和 QC 报告。

提个醒

坐标和 pKa 不是模型凭空算的，而是编排 PDBFixer/Reduce/PDB2PQR/PROPKA/OpenMM 来做；超过阈值的大缺口只标记、不伪造坐标，His、金属配位等有歧义的质子化态会明确标出不确定、建议你人工核验。