开展系统发育分析
Perform Phylogenetic Analysis · 🟡进阶 · 所属分类：组学与生物信息分析
你有一组序列，想建一棵靠得住的进化树。它带你从比对质量、替代模型选择到建树和支持度评估走完整条链，不让你只盯着树好不好看，而是把「这条分支到底可不可信」讲清楚，避免建出一棵漂亮但站不住脚的树。
适合谁
需要给基因或物种建树的研究生、分类与进化方向的研究者，以及做条形码/病毒溯源的实验室。
给它什么 · 得到什么
- 你提供：序列集（FASTA，核酸或蛋白）、物种或样本标签、是否已比对，以及目标（建树 / 定年 / 祖先重建）
- 你得到：带支持度（bootstrap/后验）标注的系统发育树（Newick）与树图，以及比对、模型选择和方法说明
怎么用
先给它序列和目标，比如：
「这是我42条COI序列的FASTA，还没比对，帮我建一棵带bootstrap支持度的最大似然树。」 触发后它会先做多序列比对与修剪（如trimAl），用ModelFinder挑替代模型，再以IQ-TREE/RAxML或贝叶斯方法建树估支持度，合理定根，并帮你识别长枝吸引之类的常见假象。
提个醒
树的可信度取决于比对与模型，低支持度的分支不会被当成强结论；方法与参数会保持透明可复现，通用红线适用。