处理生信文件格式与转换
Handle Bioinformatics File Formats · 🟢入门 · 所属分类：组学与生物信息分析
FASTQ、BAM、VCF、BED……格式一大堆，坐标从 0 基还是 1 基算、染色体写 chr1 还是 1，一个没对上，转完文件看着正常、下游全崩还查不出原因。它帮你把这些格式无损互转，顺手把坐标系和命名规范对齐，再给你一份能复跑的命令和核对清单，让你转得明白、转得放心。
适合谁
刚接触测序数据、被各种文件后缀和坐标约定绕晕的生信新手和研究生。
给它什么 · 得到什么
- 你提供：要处理的文件（FASTQ/BAM/VCF/BED/GFF 等）、想转成什么格式、用的参考基因组版本（如 GRCh38）
- 你得到：转换好的文件，加一段可复现的 samtools/bcftools 命令脚本，附坐标系与命名核对清单和完整性校验结果
怎么用
示例提问：「我有一批 GRCh38 比对出来的 BAM，想转成排序建好索引的 CRAM 再导出 BED，染色体命名帮我统一成不带 chr 的。」 触发后它会先认清你文件的格式、编码和坐标系约定，选对工具执行无损转换，再逐项校验记录数和 header 一致性，把每步命令的含义和常见坑讲给你听。
提个醒
格式转换本身不改变生物学结论；跨基因组版本的坐标必须显式 liftOver，可能丢位点它会提前告诉你。