分析单细胞轨迹与RNA速率

Analyze Single-Cell Trajectories and RNA Velocity · 🔴专家 · 所属分类：组学与生物信息分析

单细胞数据是一张静态快照，你想把它重构成有方向的分化轨迹。它帮你跑伪时序和RNA速率，但更重要的是把这类结果对预处理和方法极其敏感、箭头方向可能是假象这件事讲透，防止你把一条推断出来的路径当成因果分化的定论。

适合谁

研究发育、分化、命运决定的单细胞研究者，已完成聚类注释、想进一步做动态分析的PI与研究生。

给它什么 · 得到什么

• 你提供：含剪接/未剪接counts的对象（velocyto/kallisto的spliced/unspliced，或已注释h5ad），以及你假定的起点细胞类型或先验
• 你得到：轨迹与速率分析脚本、伪时序/速率流场图，以及明确标注方法假设与不确定性的解读说明

怎么用

说清你的数据和想重构的过程，比如：

「我这份含spliced/unspliced counts的造血数据，想用scVelo重构从干细胞到成熟细胞的分化轨迹和方向。」 触发后它会封装scVelo（动态/稳态）或PAGA/monocle3做轨迹与伪时序，先校验剪接比例和起点设定这些前提，再对比多方法多参数的稳健性、标出矛盾处，最后出流场图并附过度解读警示。

提个醒

轨迹方向是模型推断不是实验证据，它会声明假设、提示不可当因果结论；这类分析依赖剪接信息，数据不合适时它会拒绝硬跑。