查询通路与网络数据库
Query Pathway and Network Databases · 🟡进阶 · 所属分类：科学数据库与知识发现
想知道一批基因富集在哪些通路、彼此有没有互作证据，却要在 Reactome、KEGG、STRING 里各查各的，还分不清互作到底是实验证据还是文本挖掘推测。它帮你把通路归属、富集和互作网络查全，并把每条边的证据来源标清楚。
适合谁
做富集分析、构建互作网络、找机制线索的研究生与生信工程师。
给它什么 · 得到什么
- 你提供：一个或一组基因/蛋白标识（写明物种），目标（通路归属/富集/互作网络/子网提取），可选证据类型与置信阈值
- 你得到：通路富集结果表（通路名、显著性、命中基因），或互作网络（节点边表/可导入 Cytoscape），边上标好证据类型与置信分，附库版本与查询参数
怎么用
示例提问：「我这 20 个上调基因富集在哪些通路？它们彼此之间有没有实验支持的互作，帮我提取出子网络。」触发后它会做通路富集、按证据通道拆分互作、按阈值筛边并抽取种子基因子网，导出可视化文件并记录背景集与校正方法。
提个醒
STRING 等的互作含文本挖掘和预测边，它会标注证据来源；富集分析会声明背景集和多重检验校正，关联不等于因果。