检测与定量点状信号

Detect and Quantify Spots and Puncta · 🟡进阶 · 所属分类：生物成像与图像分析

数 smFISH 转录本、γH2AX foci 或 LC3 puncta 时，靠肉眼点或手调一个 ImageJ 阈值，换个人、换张图结果就变；密集点和转录位点还容易被数漏，又拿不出叠加校验图和参数记录给审稿人。它帮你按信号类型选检测器、由像素尺寸和 PSF 估斑点半径配参，把点信号图转成每细胞点计数和亚像素定位表，并附上一整套 QC 校验图。

适合谁

做 smFISH、DNA 损伤 foci、蛋白 puncta 定量的研究生、博后和成像分析人员。

给它什么 · 得到什么

• 你提供：点信号荧光图像（单/多通道，2D 或 3D z-stack；注明像素尺寸 xy/z、物镜 NA、发射波长）、检测目标（smFISH 计数/foci/puncta）、可选的细胞或核分割掩膜，以及是否要点级共定位、密集簇分解、批量分组。
• 你得到：带参数注释的可复现检测脚本（big-fish/scikit-image 或 Fiji 的 RS-FISH/TrackMate 宏，固定版本与随机种子）、逐斑点定位表（亚像素坐标、强度、SNR、所属细胞）、每细胞汇总表，以及叠加/阈值扫描/计数分布等 QC 校验图和方法学段落。

怎么用

先抛一句示例提问：「这是一批 smFISH 图，像素 xy 0.1μm、z 0.3μm，想数每个细胞里的转录本，密集的转录位点要分解开，细胞掩膜我有，帮我用 big-fish 检测并出每细胞计数和校验图。」触发后它会按信号类型和维度选 big-fish/RS-FISH/TrackMate 或 scikit-image blob 检测，由像素尺寸和 PSF 估半径、配 LoG/DoG 滤波并定阈值，做亚像素定位和密集区分解，再套分割掩膜完成每细胞计数与共定位，生成 QC 图并固化参数与随机种子。

提个醒

计数一律来自对你真实像素运行工具，绝不由模型目测或凑数；贴近衍射极限或低信噪比的点会显式标注不确定，不外推成分子互作；它做静态计数与点级共定位，不做帧间追踪，也不产出分割掩膜（消费你已有的掩膜）。