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规划测序文库制备

Plan Sequencing Library Preparation · 🟡进阶 · 所属分类:实验室研究与实验方法

建库选型、起始量、片段化、接头和 index、PCR 循环数、pooling、测序深度,任何一环配错,做出来就是重复率高、覆盖不均或数据量不够,烧钱重测。它帮你按测序目标把这些参数一次规划到位,连投入量和建库后质控都给你算好、定好。

适合谁

要为测序项目做建库规划的研究生、组织多样本上机的实验和生信人员。

给它什么 · 得到什么

  • 你提供:测序目标(WGS/WES/RNA-seq/amplicon/单细胞/ChIP 等)、样本核酸类型和可用量/质量、测序平台和读长模式、样本数和预算、目标深度/覆盖需求
  • 你得到:一份建库规划——推荐方案和试剂盒类型、起始量与片段化/接头/index 策略、PCR 循环建议、每样本目标深度和测序量估算、多样本 pooling 与 index 兼容方案,以及建库后 QC(文库浓度/片段分布/adapter 污染)判据

怎么用

比如:「我有 24 个 RNA 样本要做转录组,RIN 大多在 7 以上,想上 NovaSeq PE150,帮我规划建库策略、每样本测序量和 pooling 的 index 搭配。」 它会按应用和样本质量选建库化学、定起始量和 PCR 循环、设计 index 方案并查兼容性,估目标深度和产出量,给出建库后 QC 判据。

提个醒

深度和投入量都是基于目标的估算,要以你所选试剂盒和测序供应商的规格为准;index 兼容和低量输入需实测验证,它不替代平台官方建库指南。