注释单细胞类型

Annotate Single-Cell Types · 🟡进阶 · 所属分类：组学与生物信息分析

把cluster叫成某种细胞，很多时候靠一两个marker加印象，换个人注就不一样、自己也说不清凭什么。它帮你为每个cluster搭一条证据链——DE marker、参考图谱、置信度，让注释结果可审核、可复核，存疑的cluster也如实标出来。

适合谁

做完聚类要给细胞类型定名的研究生与PI，以及想让注释经得起复核的单细胞研究者。

给它什么 · 得到什么

• 你提供：已聚类的h5ad/Seurat对象（含cluster与DE结果）、组织/物种背景，可选的参考图谱或已知marker清单
• 你得到：一张cluster-细胞类型对照表，每行附支持marker、打分/参考图谱证据和置信度，以及存疑cluster的说明

怎么用

把聚好的对象交给它，比如：

「我这个PBMC数据集已经聚成12个cluster了，帮我逐个注释细胞类型，每个都给出支持的marker和置信度。」 触发后它会提取每个cluster的DE/marker，比对CellMarker、PanglaoDB等库，可选跑Azimuth/SingleR/CellTypist做参考图谱映射并与marker证据交叉验证，再给每个注释打置信度、标出模糊或doublet的cluster。

提个醒

注释是概率判断不是金标准；低置信或证据冲突的cluster它会显式标注存疑，不会硬给它安一个名字。