设计蛋白质序列

Design Protein Sequences · 🔴专家 · 所属分类：结构生物学与药物发现

给定骨架找序列多半靠经验，设计出来的序列常常没做可折叠性回测就直接下单合成，白白烧实验钱。它帮你对固定骨架反向设计序列、锁住关键位点和界面，再用结构预测回测自洽性，先把靠谱的挑出来再进实验。

适合谁

做蛋白设计与工程、要为骨架反向设计序列并想先做计算回测的研究者。

给它什么 · 得到什么

• 你提供：目标骨架结构（PDB）、固定/可变残基与界面约束、含配体时用 LigandMPNN、设计数量与偏好
• 你得到：候选序列集（FASTA + 打分）、设计参数记录、可折叠性回测（AF2/ESMFold 自洽）与筛选建议

怎么用

先来一句示例提问：「给这个骨架反向设计一批序列，固定住结合界面残基，再用 AF2 回测哪些能折回原构象。」触发后它会用 ProteinMPNN/LigandMPNN 反向设计序列、固定关键位点与配体接触残基，生成多样候选并按打分排序，再用结构预测回测 scRMSD/pLDDT，给出优选序列和实验验证建议。

提个醒

重算力依赖；计算设计不是实验验证，须经结构回测并由湿实验确认折叠与功能。