获取与评估蛋白质结构

Retrieve and Assess Protein Structures · 🟢入门 · 所属分类：结构生物学与药物发现

PDB 一个条目常常好几条链、好几套构象，AlphaFold 又只丢给你一个 pLDDT，结果你拿到结构却不知道该用哪条链、哪段残基靠谱、能不能直接拿去对接建模。它替你把候选结构一次捞齐、逐条评质量，再告诉你哪个适合你的用途、边界在哪。

适合谁

第一次拿蛋白结构去做对接、同源建模或做展示图的本科生、研究生和刚上手结构的实验室成员。

给它什么 · 得到什么

• 你提供：UniProt/PDB 编号或一段序列 FASTA，想要的区段、物种和用途（对接/建模/展示），有实验结构偏好也说一声
• 你得到：一张候选结构对照表（来源/方法/分辨率-R_free/覆盖区段/pLDDT-PAE/缺失残基/配体突变）加一份选型建议，每条都标清适用与限制

怎么用

先来一句示例提问：「帮我找 human EGFR 激酶结构域适合做对接的实验结构，列几个候选并说明该选哪个。」触发后它会从 PDB、AlphaFoldDB、ESM Atlas 按你的 ID 或序列检索，必要时用 foldseek 补同源模板，逐条解析质量指标、标出缺失残基和覆盖缺口，最后按用途给建议。

提个醒

结果依赖外部数据库和 foldseek/PyMOL，预测结构不是实验真值，pLDDT/PAE 只作为置信度边界参考，不能当成已证实的构象。