分析免疫组库

Analyze Immune Repertoires · 🟡进阶 · 所属分类：组学与生物信息分析

TCR/BCR 测序里克隆怎么定义、CDR3 怎么处理、V(D)J 怎么命名规范都很繁琐，多样性指标又受测序深度影响很大，跨样本一比就容易不公平。它帮你把克隆定义、CDR3/V(D)J 注释标准化，算多样性时先做深度归一化，再分析克隆扩增、共享和 V-J 使用偏好，让你的克隆型和多样性对比真正可比。

适合谁

做免疫、肿瘤免疫、疫苗的研究生和生信工程师，手上有 TCR/BCR 测序数据。

给它什么 · 得到什么

• 你提供：TCR/BCR 的克隆型表（10x/MiXCR/IgBLAST/AIRR 格式）、链类型、样本分组和测序深度
• 你得到：克隆型统计与多样性结果表 + 克隆扩增/共享/V-J 使用图 + 深度校正与比较方法说明

怎么用

示例提问：「这是 10x 出的 TCR 克隆型表，治疗前后各 6 例，帮我算 Shannon 多样性、做深度归一化后比较克隆扩增，再看样本间共享克隆。」触发后它会用 immunarch/scirpy 标准化克隆定义与注释，算多样性（Shannon/Gini 等）并做深度归一化，分析克隆扩增、共享和 V-J 偏好，给你结果表、图和可比性说明。

提个醒

多样性指标对测序深度很敏感，跨样本比较必须先做深度校正，否则结论根本不可比。