制作基因组、单细胞与空间组学图表
Create Genomic, Single-Cell, and Spatial Figures · 🔴专家 · 所属分类：科研可视化
UMAP 被当定量证据滥用、基因结构图坐标错位、空间图丢了组织形态、批次效应被当成生物学差异——高维和空间数据最容易画错也最容易被误读。它帮你把单细胞和空间组学画成规范的降维与空间可视化，坐标系、批次、聚类分辨率都标清楚。
适合谁
做单细胞、空间转录组或基因组区间可视化的研究生、博士后和生信工程师。
给它什么 · 得到什么
- 你提供：单细胞/空间对象（如 Seurat/AnnData）、降维与聚类结果、想展示的基因或注释、空间坐标与配套组织图像；基因组图另需提供区间/注释（BED/GTF）
- 你得到：组学可视化图和可复现代码——UMAP/tSNE 聚类图、marker 表达叠加、空间散点/切片图、基因结构与轨道图（track），图上标注坐标系、批次与聚类分辨率
怎么用
示例提问，比如「这是我的 Seurat 对象，帮我画 UMAP 按细胞类型上色，再叠一张 marker 基因的表达图，标上聚类分辨率」。触发后它会绘制 UMAP/tSNE 并标注分辨率与批次来源，规范色阶叠加 marker 表达，生成对齐组织形态的空间切片图，画基因结构/基因组轨道图并校准坐标注释，同时提示你降维图的解读边界。
提个醒
UMAP 这类降维图只能作定性展示，不能当定量证据；整合和批次处理方法要说清楚，别把技术差异当成生物学结论。