分析微生物组与宏基因组数据

Analyze Microbiome and Metagenomics Data · 🟡进阶 · 所属分类：组学与生物信息分析

菌群数据是组成型的，不能当普通计数来分析——稀释、CLR 变换、rarefaction 之争让差异丰度的结论极容易做错、也很难复现。它帮你把过滤、多样性、排序、差异丰度这一整套用组成感知的方法做对，把每个方法学选择都写清楚，让你的菌群组成和差异结论站得住、别人也复现得出来。

适合谁

做肠道菌群、环境微生物的研究生、医生和生信工程师，手上有 16S 或宏基因组数据。

给它什么 · 得到什么

• 你提供：16S 的 ASV/OTU 表 + 分类学 + 样本元数据（QIIME2 产物），或宏基因组 reads/contigs 和测序深度信息
• 你得到：组成与多样性结果表 + alpha/beta 多样性图 + 差异丰度物种/功能结果和方法学说明

怎么用

示例提问：「这是 QIIME2 出的 ASV 表和分类学，健康组和患病组各 20 例，帮我算 alpha/beta 多样性、做 PCoA，再用 ANCOM-BC 找差异丰度菌属。」触发后它会用 phyloseq/QIIME2 做过滤和多样性分析，用组成感知的方法（ANCOM-BC/ALDEx2）做差异丰度，宏基因组还能做物种/功能 profiling(MetaPhlAn/HUMAnN)，给你图、结果表和统计方法说明。

提个醒

菌群数据是组成型的，必须用组成感知的统计方法；rarefaction/归一化的选择要显式说明，宏基因组的功能层分析还需要你自己的算力。