分析DNA甲基化数据

Analyze DNA Methylation · 🔴专家 · 所属分类：组学与生物信息分析

450K/EPIC 芯片和 WGBS/RRBS 测序是两套完全不同的流程，归一化、细胞比例校正、批次混杂只要处理不当，就会凭空造出一堆假的差异位点。它按你的平台走对应流程，把质控、混杂校正、DMP/DMR 调用和注释一条龙做完，并把每一步的假设都写清楚，帮你把差异甲基化做扎实。

适合谁

做表观流行病学、肿瘤甲基化的研究生、医生和生信工程师，手上有甲基化芯片或 bisulfite 测序数据。

给它什么 · 得到什么

• 你提供：芯片 IDAT/beta 矩阵 或 bisulfite 测序的 bedGraph/cov 文件、样本分组与协变量、平台和基因组版本
• 你得到：差异甲基化位点/区域（DMP/DMR）结果表 + 质控与校正说明 + 富集注释和可视化图组

怎么用

示例提问：「这是一批全血 EPIC 芯片的 IDAT，病例对照各 30 例，帮我做质控、校正细胞比例后找 DMR 并注释到基因。」触发后它会按平台选归一化方法（minfi/SeSAMe 或 methylKit/bsseq），估计并校正细胞类型比例与批次，再调 DMP/DMR、做基因/CpG 岛/通路注释，给你带协变量模型说明的结果表和图。

提个醒

血液这类混合样本必须做细胞比例校正，否则差异多半是细胞组成的假象；不同平台的流程也不能混用。