分析三维基因组

Analyze the Three-Dimensional Genome · 🔴专家 · 所属分类：组学与生物信息分析

Hi-C 数据又大又重，从建 contact matrix、归一化到选分辨率、调 TAD/loop，工具一大堆，算力和坐标系还特别容易踩坑。它帮你把 Juicer/HiC-Pro 建矩阵、cooler 归一化、区室/TAD/loop 调用串成一套流程，按覆盖度帮你选合适分辨率，并把每一步的取舍解释清楚，让你专注解读结构而不是跟工具较劲。

适合谁

做染色质三维结构、基因调控的研究生和生信工程师，手上有 Hi-C 数据或已建好的接触矩阵。

给它什么 · 得到什么

• 你提供：Hi-C 的 fastq 或已建好的 .cool/.hic/.mcool 矩阵、基因组版本、目标分辨率和关注区域
• 你得到：多分辨率 contact 矩阵 + 区室/TAD/loop 结果表 + 归一化与分辨率选择说明和接触热图

怎么用

示例提问：「我有一个 .mcool 矩阵，hg38，想在 10kb 和 40kb 分辨率下调 A/B 区室和 TAD 边界，再在某个基因座附近找 loop。」触发后它会先做 cis/trans 比、覆盖度等质控，帮你按深度选分辨率，用 cooltools/HiCCUPS 调用区室、TAD 和 loop，给你接触热图、结果表和参数说明。

提个醒

它本质是编排重算力专业工具加解读，从 fastq 建矩阵需要你自己的计算资源；而且分辨率受测序深度限制，不能硬做超分辨率解读。